Большинство авторов разделяют пролабирование митрального клапана на первичное (идиопатическое) и вторичное. Первичный ПМК — самостоятельный клинико-анатомический синдром. Вторичный сочетается с системными заболеваниями соединительной ткани или сердечно-сосудистой системы.
До настоящего времени не установлены причины первичного ПМК. Наиболее распространены две теории. Согласно первой, морфологическая основа пролабирования — аномальное развитие соединительнотканного аппарата митрального клапана, связанное с биохимическим дефектом синтеза коллагена. Вторая теория основана на предположении, что ПМК возникает на фоне минимальных врождённых вариаций строения сухожильных хорд и створок, которые в результате непропорциональной систематической нагрузки повреждаются с разрывом нормального коллагена и накоплением коллагена III. Последнее также выявляют при синдромах Марфана, Эллерса—Данло, при которых ПМК — один из симптомов, и при идиопатическом сколиозе.